En la Escuela Shibusen, técnicos y armas antropomórficas se unen para proteger la paz mundial. La historia sigue a Maka Albarn y su guadaña Soul Eater en su misión por recolectar 99 almas criminales y una de bruja para que Soul se convierta en una poderosa "Death Scythe". Junto a sus compañeros, deberán enfrentar a brujas y fuerzas oscuras que buscan sumergir al mundo en la locura del legendario Kishin.